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En la zona en que se encuentra Villa Pehuenia, podrán
observarse especies tanto del bosque andino patagónico, como aquellas que habitan en la zona de su transición con la
estepa, como las lagartijas.
Una característica de los bosques del sur es que no hay gran variedad de especies, ni éstos son de gran tamaño
(descontando las especies introducidas), como sucede en otros continentes.
También en estos bosques hay muchos mamíferos endémicos, que son aquellos que se desarrollaron evolutivamente en el mismo lugar en el que surgieron, quedando aislados en determinada zona.
Ejemplos de mamíferos endémicos son el Pudú y el Huemul, éste último se encuentra en peligro de extinción por varias razones, como ser los incendios, las enfermedades, la caza, la introducción de especies, etc. Además, otras especies terrestres autóctonas son el Puma, Guanaco, Liebre Patagónica, Roedor y Zorro colorado y gris.
Por otro lado las especies introducidas son el Ciervo colorado, Ciervo Dama, Ciervo Axis, Conejo Europeo, Jabalí y la Cabra íbex, cuyas poblaciones son reguladas con el accionar de los cazadores.
El lago Aluminé, que baña las costas de la Villa, por su gran profundidad y superficie,
posee limitada diversidad de fauna acuática, sirve como apaciguador de las temperaturas.
En los ríos y lagos de la zona pueden encontrarse tanto especies autóctonas como introducidas. Entre las primeras pueden resaltarse el puyén y el pejerrey patagónico, mientras que las truchas marrón, fontinaris y arcoiris fueron introducidas.
Finalmente, entre las aves se encuentran el Cauquén, Bandurria, Pato, Cisne de cuello negro, Cóndor Andino, Paloma araucana, Cachaña (dispersora y predadora de piñón) y el Carpintero de Cabeza Colorada, actualmente en peligro de extinción y también denominado Carpintero Gigante, por ser el
pájaro de mayor tamaño de Sudamérica.
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